DETECCION DE ESPECIES DE STREPTOMYCES EN TUBERCULOS DE PAPA Y SUELOS CULTIVADOS EN ARGENTINA MEDIANTE PCR Streptomyces scabies Sarna común de la papa Los órganos más afectados son los tubérculos. Síntomas característicos Pústulas o lesiones levantadas de forma circular y aspecto corchoso. Lesiones hundidas. Lesiones necróticas poliédricas o estrelladas. Agente causal Streptomyces scabies, con cadenas de esporas dispuestas en forma helicoidal, produce melaninas, pH óptimo entre 5.2 y 7. En Argentina fue reportada en Buenos Aires, Mendoza y Córdoba (Escande y Melegari) y en Chaco por Bonasic Kresic. (Atlas Fitopatológico de Argentina). S. acidiscabies, con cadenas de esporas flexuosas y puede sobrevivir en suelos ácidos (hasta pH 4.5). S. turgidiscabies, con cadenas de esporas flexuosas, sin producción de melaninas. Fue descripta por primera vez en Japón, actualmente se reportó su presencia al N de Europa. Los genes responsables de la patogenicidad fueron transferidos desde S. scabies hacia las otras dos especies. Zonas productoras de papa en Argentina (Caldiz & Struik, 1999) Período de crecimiento: • temprano. invierno • semitemprano. primavera • semitardío. verano • tardío. otoño Localidad Producción Tucumán temprana Córdoba semitemprana Mendoza semitemprana semitardía Santa Fe y Bs As NW semitemprana tardía Bs As SE semitardía Río Negro y Chubut semitardía Mecanismos de control Semillas de tubérculos sanos Rotar el cultivo con maíz, trigo, cebada, alfalfa, evitar la rotación con plantas hospedantes como remolacha, zanahoria y trébol rojo. Mantener pH del suelo entre 5 y 5.2 Evitar o limitar las aplicaciones de estiércol. Mantener la humedad del suelo en capacidad de campo. Resistencia Fungicidas (mancozeb, pentacloronitrobenceno, urea formaldehída líquida). Control biológico uilizando cepas no patogénicas de Streptomyces spp. y Trichoderma spp. Conocer las especies productoras de sarna común en papa en Argentina Método 1) Extracción y purificación de ADN de suelo y lesiones de tubérculos. 2) PCR diagnóstica usando primers especie-específicos para: Streptomyces scabies S. acidiscabies S. turgidiscabies 3) Comparación de las secuencias obtenidas con las secuencias presentes en bases de datos. Table 1. Soil sampling sites and main crops Location Province Main crop Balcarce Vedia Choele Choel Marcos Juárez Leones Villa Alberdi Buenos Aires Buenos Aires Río Negro Córdoba Córdoba Tucumán Potato Soybean Potato Soybean Soybean Tobacco Table 2. Primer sequences and respected sizes of PCR products in the present experiment Species Primer Sequence (5'-3') Streptomyces acidiscabies AC-03 AC-04 TACCGGATATCACTCCTGCCT GGCGACCATCTCTGGCCGTT 836 S. scabies SC-05 SC-06 CCGGTAGCCCAACCCGTAAG GTAGTACTCACAGCCTCCGG 236 S. turgidiscabies TU-01 TU-02 GGAAACATCCAGAGATGGGTG GACAGTACTGGAAGGAGAAGA 686 M bp 1000 500 S. acidiscabies 1 2 3 4 5 6 1 S. scabies 2 3 4 5 Size (bp) 6 S. turgidiscabies 1 2 3 4 5 6 Table 5. Homology of the sequences of PCR bands with the reference sequence Accession number of the referece sequence Homology (%) Streptomyces acidiscabies AB026220 99.4 S. scabies AB026199 98.7 S. turgidiscabies AB026221 97.2 Species Detección en lesiones Table 3. Detection of Streptomyces species in lesions using PCR Location Cultiver Market Unknown Balcarce Shepody Innovator 1 No. of lesions infested with1 Tuber No. of tested lesions AC+SC+TU AC+SC SC+TU SC A B C 2 2 2 2 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 A B C D E F A 5 5 4 4 1 1 5 5 5 4 4 1 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 AC,S. acidiscabies ; SC, S. scabies ; TU, S. turgidiscabies Detección en suelos Table 4. Detection of Streptomyce s species in soil using PCR Location Soil pH Replicate AC1 SC2 TU3 Balcarce4 6.6 6.3 6.5 6.1 6.1 6.1 1 2 3 1 2 3 + + + - + + + + + + + + + + + 6.7 6.6 6.7 6.5 6.4 6.5 6.3 6.1 6.2 6.1 6.1 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 2 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Tucumán Choele Choel4 Vedia Leones Marcos Juarez 1 S. acidiscabies S. scabies 3 S. turgidiscabies 2 4 Potato production areas. Presencia de las distintas especies en los suelos muestreados Conclusiones Se cita por primera vez para Argentina la presencia de S. acidiscabies y S. turgidiscabies. Detección de la presencia de los patógenos en áreas de producción papera y no papera. Se comprobó que este método de detección es preciso y rápido Para diagnosticar la presencia de especies de Streptomyces en suelo. Muchas gracias