28. Aaron Lecanda

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Análisis de la expresión de elementos repetitivos en transcriptomas de
células infectadas por VIH
Aarón Lecanda-Sánchez1*, Christopher E. Ormsby1*, Douglas F. Nixon2, Gustavo ReyesTerán1, 1 Centro de Investigaciones en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de
Enfermedades Respiratorias, Ciudad de México, México, 2 División de Medicina
Experimental, UCSF, San Francisco, California EUA y Departamento of Microbiología,
Inmunología y Medicina Tropical, Universidad George Washington, Washington, DC,
EUA.
Se ha demostrado que durante la infección por VIH hay un aumento en la expresión de
ciertos Elementos Repetitivo (ER) en células de la sangre. Sin embargo, estos estudios
suelen estar enfocados en unos pocos elementos repetitivos, especialmente en el Retrovirus
Endógeno Humano – K (HERV-K, por sus siglas en inglés), su expresión se ha medido por
técnicas de qPCR o de manera general por secuenciación de siguiente generación de ARN1.
Conocer con mayor exactitud qué Elementos Repetitivos están siendo sobrexpresados
puede resultar útil para el diseño de una estrategia para crear una vacuna que ayude al
sistema inmune a seleccionar las células infectadas con VIH, aún en los casos en los que el
virus se encuentre en estado latente, debido a que los ER expresados pueden ser traducidos
y usados a manera de antígenos, especialmente los HERVs.
Para poder estudiar con un enfoque genómico y de una manera comprensiva qué Elementos
Repetitivos están siendo sobrexpresados por la infección de VIH hemos creado una
colección de todos los elementos repetitivos conocidos en la anotación actual del genoma
humano (GRCh37/hg19; Feb. 2009), nos hemos basado en las predicciones hechas con
Modelos Ocultos de Markov en el proyecto de Dfam y hemos redistribuido los elementos
repetitivos en 14 categorías agregando información sobre la posición intragénica o
intergénica de cada uno. Hemos llamado a esta colección el “repeatsome” y lo describimos
como una especie de genoma de referencia sintético. Hemos utilizado el repeatsome para
analizar datos públicamente disponibles de transcriptomas de células SUP-T1 CD4+
infectadas in vitro con VIH y células control analizadas a las 12 y 24 horas post infección.
Hemos encontrado que la expresión de elementos repetitivos bajo la infección por VIH es
distinta a la esperada por azar y al analizar con más detalle los elementos repetitvos de tipo
LTR hemos encontrado algunos que presentan expresiones diferenciales entre muestras
infectadas y no infectadas. Además creamos el repeatsoma y demostramos que resulta ser
una herramienta útil para el análisis de expresión de elementos repetitivos en experimentos
de transcriptómica.
1. Garrison, K. E. et al. T cell responses to human endogenous retroviruses in HIV-1
infection. PLoS Pathog. 3, e165 (2007).